1989年3月，国务院下发了《关于加强爱国卫生工作的决定》，明确指出：“评比竞赛是激励群众的有效方法，应当继续采用。”10月，全国爱国卫生运动委员会下发了《关于开展创建国家卫生城市活动的通知》。由此掀起了新时期城市爱国卫生运动的新模式———创建国家卫生城市活动。为推进浙江省的爱国卫生工作，浙江省人民政府办公厅也下发了《关于开展创建国家卫生城市活动有关问题的通知》。绍兴市根据国务院和省政府的要求，积极行动，发起了以“改善城市卫生面貌，增强人民健康”为目的的市区创建国家卫生城市活动。1990年10月，市政府专门成立了创建卫生城市领导小组，徐文成副市长任组长，秦剑青、谢张林、费水根、韩传根、章榴先任副组长，自此创建国家卫生城市活动在市区广泛深入地开展。
　　在1992年的第二次全国城市卫生检查中，绍兴市获得“全国卫生城市”称号，1995年的第三次全国城市卫生检查中再次获得“全国卫生城市”称号。在荣誉面前，市委、市政府再接再厉，进一步加大“创卫”力度，于1996年3月做出了《关于加快创建国家卫生城市的决定》，市政府批转了绍兴市爱国卫生运动委员会《关于绍兴市1996年创建国家卫生城市实施意见的通知》。当月，市委决定建立绍兴市创建国家卫生城市领导小组，市长纪根立任组长，市委副书记沈才土、常务副市长顾仁章任常务副组长，顾秋麟、张耀深、季章拉、庄惠春、沈震元、赵六四、黄文泽任副组长，越城区、卫生、建设、工商、环保等30个部门领导为成员。同时，下设办公室，市政府副秘书长杜世大任办公室主任，韩传荣等10个部门的分管领导任办公室副主任。
　　1996年3月24日，市创卫办下发了《绍兴市创建国家卫生城市“6643行动”方案》，方案根据“条包块管、条块结合、齐抓共管、合力共建”的原则，将市区6条主要街路、6个门户（城郊结合部）、4条环城路、3个城区区域，分别落实有关部门牵头共建，负责开展大规模环境卫生综合整治活动。6条主要街路：解放路由市城建委负责、中兴路由市工商局负责、延安路由绍兴县负责、鲁迅路由市委宣传部负责、人民路由市财税局负责、胜利路由市机关党工委负责；6个门户：偏门由府山街道负责、辕门由北海街道负责、昌安门由昌安街道负责、五云门由市交通局负责、稽山门由绍兴经济开发委负责、南门由绍兴县负责；4条环城路：环城北路由市交通局负责、环城南路由府山街道负责、环城西路由北海街道负责、环城东路由塔山街道负责；3个城区区域：老城区由越城区负责、城东新区由绍兴经济开发委负责、城南新区由绍兴县负责。“6643行动”方案下发以后，全市上下迅速行动，对照《国家卫生城市标准》的十大项指标分头落实，并收到了明显的效果。
　　1996年５月，通过了省爱国卫生运动委员会的调研和考核；11月，以毕效增为团长的全国爱卫会国家卫生城市调研团到绍兴进行了正式调研，调研团对绍兴市区的创卫工作给予了充分肯定。至此，市区创建国家卫生城市工作取得了阶段性成果。1997年12月，全国爱卫办刘玉良副主任等5名专家组成的调研组再次到绍兴进行暗访检查，调研组对市区的创卫工作给予肯定的基础上，对市区的水环境污染、市容环境卫生、食品卫生等方面的问题提出了整改意见。1998年开始，针对全国爱卫会暗访检查组提出的整改意见，对照《国家卫生城市标准》，开展了持之以恒的创建国家卫生城市活动，重点在改善水环境、改善市容环境卫生和提高食品卫生管理水平等方面做了大量工作。
　　1998年，绍兴市通过了全国第四次城市卫生检查。1999年10月，市区除四害工作进行了大会战，在市爱卫办的具体组织下，一举成功地通过了省爱卫会的灭鼠、灭蟑工作先进城区复查和灭蚊先进工作城区考核检查。巩固了除四害工作的成果，又为创建国家卫生城市提供了有利条件。自1999年底起，市委、市政府更是下大决心、花大力气，加大创卫工作力度，显著增加创卫投入，掀起了新一轮创卫热潮，调整了创卫领导组织，建立了“绍兴市创建文明、卫生城市领导小组”，市委副书记袁长寿任组长，市领导阮顺泉、黄秋芳、茹关筠、胡坚、马忠、李露儿任副组长，30个市级部门领导任成员。下设办公室，由市政府副秘书长邵田田任办公室主任，韩传荣、邵立聪任办公室副主任。2000年，市委、市政府专门下发了《绍兴市区创建国家卫生城市规划（2000-2002年）》，市创卫办相继下发了《绍兴市创建国家卫生城市部门职责分工》、《绍兴市区创建国家卫生城市行业卫生考核办法》、《绍兴市区社区卫生考核办法》等一系列文件，通过三年的努力，使市区的创卫工作上了一个新的台阶。市区新建一大批城市基础设施，提高了城市品位；开展市区环境卫生综合整治活动，改善了市容环境卫生；开展了创建国家环保模范城市活动，城市环境质量明显改善；加大食品卫生管理力度，有效地保障了市民的身体健康。至2002年，市区创建国家卫生城市必须具备的五个基本条件已全部达标。即：城市生活垃圾无害化处理率达100%；城市生活污水处理率达64.75%；建成区绿化覆盖率达38.60%，人均绿地面积达7.01平方米；大气总悬浮微粒日平均值（TSP）为0.175毫克/立方米；城区除四害四项达标。
　　为进一步改善城市基础设施，提高了城市品位，从1997年开始，共投入资金约150多亿元，建设了一大批亮点工程。
　　一、城市污水处理工程。为有效改善绍兴平原河网水质，保护和改善鉴湖水质，绍兴市、县两级政府合建了绍兴污水处理厂，该工程总规划占地66.7公顷，总投资7.22亿元，日处理污水规模为60万吨。其中投资5.56亿元，日处理污水30万吨的一期工程于2000年4月正式动工兴建，于2001年8月1日正式投入运行。另日处理污水30万吨的二期工程也即将完工。
　　二、污水收集系统工程。一期工程于1994年投入运行，污水收集规模为5万吨/日，截污范围为16平方公里。二期工程规模为18万吨/日，总投资近5亿元，截污范围扩大至32.5平方公里，工程于1996年开工，包括全长256公里的排污干管、泵站、控制中心等，于1999年建成运行，市区主要工业污水全部接入污水收集系统。市区生活污水收集系统于2001年9月全面完工，市区生活污水收集率达64.75%，有效地改善了市区河道水质。
　　三、小舜江水库工程。为改善市民饮用水水质，投资22亿元新建小舜江水库工程。该工程集供水、防洪、灌溉功能于一体。由水库、输水工程、净水厂三部分组成。设计总库容量为2.35亿立方米，日供水量100万吨。工程于1997年12月动工兴建，2001年1月竣工。该工程使绍兴市区的居民及虞绍平原130万人口用上了高质量的饮用水。
　　四、环城河整治工程。市区环城河全长12公里，工程于1999年7月开工，2001年7月竣工，总投资12亿元，工程集环保、防洪、城建、旅游、文化等功能于一体。整个工程疏浚淤泥40万立方米，拆迁房屋面积64万平方米，配套建成8个沿河公园景点绿带和广场，新增绿地面积54万平方米，新砌两岸高标准河坎24公里。整治后的环城河河水清澈，两岸景色优美，实现了“水清可游、岸绿可闲、街繁可贸、景美可赏”的新貌。
　　五、城市广场工程。为改善市民生活质量，增加市民休闲场所，投资5.3亿元建成城市广场，广场集娱乐、休闲、集会、购物、文化交流为一体，总占地面积约11.8万平方米，绿地面积近6万平方米，一期工程于1999年9月竣工，二期工程于2001年5月竣工。
　　六、垃圾焚烧发电工程。为确保城市垃圾无害化处理，于1999年开始兴建绍兴市垃圾焚烧发电厂，工程总规模日处理垃圾800吨。一期工程总投资1.35亿元，日处理能力400吨，于2001年8月底点火投入运行。
　　七、绿色生态工程。1998年以来，市区加大了在绿化方面的投入，制订绿地系统规划，实施了中兴路绿带、城市广场、东街绿化广场、环城河绿带等大量环境绿化工程。绿色生态工程建成后，使市建成区绿地总面积达13.32平方公里。
　　八、解放路街景综合整治工程。市区解放路全长3156米，为市区的主要商业街。由于道路不够整齐，缺乏整体性、连续性和统一性，招牌、广告、邮亭等设施杂乱，杆线林立，视野不佳，整体观瞻品位档次不高。为此，投入3.5亿元对解放路全线实施街景综合整治。通过对道路环境、建筑景观、重要环境节点和夜景4个要素的规划整治，构筑成一条有绍兴历史文化风情的特色街、环境优雅的购物街、基础设施完善的规范街和管理秩序井然的示范街。
　　九、火车站休闲广场综合改造工程。总投资6.5亿元，占地19万平方米的火车站广场建设及周边地块综合改造工程于2000年正式启动。站前广场、解放北路延伸工程、城北河整治工程及广场配套设施休闲广场、游船码头于2001年全部完工。休闲广场仅绿化面积就达1万平方米，改善了城市的窗口形象。
　　十、南、北、西大门改造工程。为改善城郊结合部面貌，塑造城区门户新形象，1999年以来，共投入8.5亿元，对市区北大门—绍三线、南大门—绍甘线、西大门—104国道南连北建续建工程进行大规模拓宽改造和环境整治。其中绍三线全线拓宽66米，全长9.732公里，绿化面积20万平方米；绍甘线全线拓宽42米，全长1.93公里，绿化面积4万平方米；西大门工程全线拓宽60米，全长5.49公里，绿化22.2万平方米。
　　2002年是绍兴市区创建国家卫生城市的关键年，为了加快创建国家卫生城市的步伐，市区各级各部门紧紧围绕创建国家卫生城市这一中心工作，对照《国家卫生城市标准》，按照《绍兴市区创建国家卫生城市规划（2000—2002年）》和《绍兴市区2002年创卫工作要点》要求，做了大量的工作。3月11日，市委、市政府召开市“双创”表彰暨动员大会，市委书记冯顺桥作动员讲话，要求各级各部门要从实践“三个代表”重要思想的高度，进一步加强领导，突出重点，狠抓落实。副市长李露儿代表市政府与区政府、市建设局等28个部门签订了创卫工作目标责任书，将创卫工作列入市政府对部门年终考核内容。3月，市政府专门成立了创卫协调小组，由副市长李露儿任组长，宣传部副部长鲁兰洲、市政府办公室副主任陆鹰任副组长，30个政府部门领导任成员。同时，调整了市创卫办领导，由市卫生局局长宋梅玉任办公室主任，韩传荣为副主任。5月9日，市爱卫会召开了市区成员扩大会议，市长王永昌作了重要讲话，要求各部门进一步加大工作力度，进一步抓好落实，务必使创卫工作达到预期目标。副市长李露儿通报了省爱卫会检查组的意见，部署了工作重点。9月初，市委、市政府成立了绍兴市创建国家卫生城市迎检指挥部，同时召开了创建国家卫生城市迎检动员大会，市委书记冯顺桥、市长王永昌作了重要讲话，冯顺桥书记在动员大会上发出了“全面发动，全民动手，众志成城，以优异成绩迎接全国爱卫会的考核检查，确保市区创建国家卫生城市成功”的动员令。
　　为确保创卫成功，市领导分别与市区6个街道结对联系，建立了市领导与街道联系制度，督促各街道全面推进创卫工作。同时，针对《国家卫生城市标准》的具体内容，相应建立了5个创卫专业组，其中宣传、舆论专业组由市委宣传部牵头，经营秩序专业组由市工商局牵头，除四害专业组和市容环境卫生专业组由区政府牵头，食品、公共场所卫生和健康教育专业组由市卫生局牵头。4月，省爱卫会对绍兴市区进行了考核检查；5月，省爱卫会向全国爱卫会推荐绍兴市为国家卫生城市；7月，全国爱卫会暗访检查组对绍兴的创卫工作进行了暗访检查后，给予了充分肯定，尤其认为水环境、城市卫生基础设施方面水准较高。9月10日至13日，以国家卫生部肖东楼副司长为组长的全国爱卫会考核组一行8人对市区创建国家卫生城市的工作进行了全面考核，通过3天的检查，考核组认为绍兴市区的创建国家卫生城市工作达到了《国家卫生城市标准》的基本要求。11月，全国爱卫会正式命名绍兴市为“国家卫生城市”，授予市长王永昌“国家卫生城市市长奖”。