公司实行三块牌子、一套班子的管理模式，根据工作职能和内容，设置“一办七部”的机构体系，即党政办、财务部、工程部、市场部、企管部、安保部、内河经营部和外河经营部，并建立三家公司的党、工、团组织。

1.绍兴水城旅游股份有限公司。单位性质为股份制公司，是一家致力于水上旅游事业开拓与发展的旅游实体公司。公司设有环城河水上游览专线和古城内河乌篷船水上游线，为游客提供舒适的水上旅游环境。

2.绍兴市环城河管理有限公司。单位性质为国企，主要负责环城河水域及沿岸绿带、公园的综合管理。同时，还承担了环城河公园保洁、日常管护、绿化养护、灯光亮化、公益活动、物业管理等职能。

3.绍兴市水城内河管理有限公司。单位性质为国企，公司主要负责市区17条内河的综合管理及内河翻水、内河设施维修等，下设5个泵站、15个内河水位调节闸门，为市区防汛、排涝发挥着积极的作用。